Какую систему приема платежей использовать?

Стартовать — с агрегатора. Частично затем заменяя его банком.

Подключение эквайринга — сложная бюрократическая процедура, сравнимая с открытием расчётного счёта в банке. Для подключения эквайринга чаще всего нужен уже открытый в интернете сайт — служба безопасности хочет видеть, чем вы реально будете торговать.

Первым подключается агрегатор. Варианты: PayU, Robokassa, «Яндекс.Касса». Агрегаторы как могут сокращают свою бюрократию, к ним подключиться быстрее.

Параллельно запускается процесс получения услуги интернет-эквайринга в том банке, где у вас уже открыт расчётный счёт. Если ваш банк такую услугу не предоставляет («старые» региональные банки — часто), то открытием дополнительного расчётного счёта в каком-то из банков из топ-10 рейтинга. Конкретных рекомендаций тут нет, потому что ситуация быстро меняется. После подключения интернет-эквайринга платежи по банковским картам с агрегатора переводятся на «родной» банк. Это сокращает комиссию обычно на 1,5-2% и, собственно, и является целью подключения к процессу собственного банка.

Все остальные платежи (электронные деньги, киоски оплаты, счета телефонов и т.д.) остаются на агрегаторе.

Обратите внимание, что рост оборота — повод для торга с агрегатором по %. Запросите у них стандартные диапазоны по комиссии в зависимости от выручки. И всё равно торгуйтесь дополнительно.